Das Museum widmet sich der ländlichen, ausgeprägt katholischen Kulturgeschichte des Kantons Appenzell Innerrhoden. Im Zentrum stehen Themen der Volkskunde und populären Alltagskultur. Mit der einst weltberühmten Appenzeller Handstickerei gibt das Museum Einblick in ein faszinierendes Stück Frauen-, Sozial- und Wirtschaftsgeschichte. Daneben haben Themen wie die Volksfrömmigkeit, die Bauern- und Möbelmalerei oder archäologische Funde aus der Wildkirchlihöhle ihren Platz.

Die bedeutende Fotosammlung des Museums wird immer wieder aufs Neue befragt. Die fotografischen Fundstücke verleihen den Ausstellungen, die oft mit künstlerischen Interventionen bereichert werden, eine erfrischende Unmittelbarkeit und Nähe zum Publikum.