Zurzeit wird die Dauerausstellung umgebaut: Ab Ende April 2024 legt das Museum Heiden seinen Schwerpunkt neu auf den beeindruckenden internationalen Kurtourismus des 19. und beginnenden 20. Jahrhunderts. Der Aufstieg von Heiden als Luft- und Molkenkurort beginnt mit dem Wiederaufbau des Dorfes nach dem Brand von 1838 - und bricht mit dem Ersten Weltkrieg abrupt ab. Diese Blützezeit wird mit Objekten und Postkarten eindrücklich dokumentiert.

Auch die dem Museum von Privaten vermachten zoologischen, völkerkundlichen und mineralogischen Sammlungen stammen aus dieser glanzvollen Zeit.

Im sogenannten Atelier wird das Leben und Werk des berühmten Nebelspalter-Redaktors Carl Böckli («Bö») gezeigt. Sonderausstellungen sind der Geschichte und dem Kulturschaffen der Region gewidmet.